祖大寿祖上从明宣宗时期就来到关外，一直为明朝戍边，是辽东主要将门世家，至袁崇焕就任蓟辽督师后，提倡"以辽人守辽土"，大力提拔和支持辽东将门，祖大寿因在辽东将门世家中的资历成为袁崇焕麾下辽东军团的扛旗之人，袁崇焕的这个政策也彻底造就了辽东军团（实质是祖大寿和他的妹夫吴襄两家）的崛起，在整个崇祯年间，他们都是独一无二的。
在袁崇焕把资源倾向于祖大寿后，祖大寿也抓住了这个机会，联合妹夫吴襄一起牢牢抓住辽东军团的兵权，排挤非辽东系，其中最著名的就是满桂和赵率教，全部被他们赶回关内，后来这两人都在"己巳之变"中战死。关外从此就是祖大寿说了算，因此，当袁崇焕下狱后，祖大寿敢于不听从圣旨逃回辽东，就是吃准了崇祯拿他没办法。
崇祯也的确拿祖大寿没办法，此后，多次召祖大寿入京，但祖大寿就是不去，假如去了，崇祯肯定会干掉他，这是毫无疑问的，他是崇祯朝出现的第一个敢听调听宣、且手握兵权的武将。崇祯还只能咬着牙不停地为祖大寿加官进爵，还不敢断掉给他的辽饷，原因显然是投鼠忌器，担心辽东军团投敌。
其实，"己巳之变"后，祖大寿就已经是在两面下注了，对于后金，在他的安排下，辽东军团只采取防御战略，绝对不会主动向后金进攻，谁来做督师都不行，也就是搞所谓的"养寇自重"，为什么不在袁崇焕被杀掉后就投降后金，原因也很简单，至少在崇祯执政的前期，虽然明军始终打不赢后金，但没有谁会认为后金会灭掉明朝。
