然而，新宫殿建成仅数月时间，一场突如其来的天灾即摧毁了这一切。
永乐十九年（1421年）四月，奉天、华盖、谨身三殿遭雷火被焚。当月的万寿节被迫停止举行。直到正统五年（1440年）二月，明英宗始"以营建宫殿，发各监局及轮班匠三万余人，操军三万六千人供役"，重建北京宫殿。此时距永乐年三大殿天灾已超过19年，以至明仁宗、宣宗、英宗三朝皇帝继位时，竟无金銮宝殿可坐。正统皇帝因此命宦官阮安会同左都督沈清、少保兼工部尚书吴中等重建三大殿。至次年九月，奉天、华盖、谨身三殿，乾清、坤宁二宫建成。
明代北京城宫殿图
嘉靖三十六年（1557年）四月十三日，奉天殿再遭雷击起火，延烧华盖、谨身二殿，火势延烧至午门及午门外左右廊房，以致外朝三殿二楼十五门皆被烧毁，成一片焦土。直到两年后的嘉靖三十八年，才开始再次修复。
