此次动用了大量的人力物力，用了4年的时间，至嘉靖四十一年（1562年）三殿等才陆续恢复重建，迷信风水的明世宗嘉靖帝遂更名奉天殿为皇极殿，华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿。文楼改名文昭阁，武楼改名武成阁，奉天门初改名大朝门，后又改为皇极门，并改左顺门为会极门，右顺门为归极门，东角门为弘政门，西角门为宣治门。
明北京城布局示意图
万历年间，明朝盛极而衰。万历二十四年（1596年）三月，乾清宫、坤宁宫及交泰殿再次被烧，修复工程尚未完工，次年（1597年）归极门又发生火灾，延烧至三殿、二阁及周围庑房，而修复工程却被搁置下来。直到28年后的天启五年（1625年）始动工修建，至天启七年（1627年）重建完成。
顺治元年（1644年）清军入关击败占据北京的李自成农民军，据明故宫为清代的皇宫。当年十月，顺治皇帝在奉天门（太和门）颁诏天下，开始了清朝的统治。
