顺治二年（1645年）五月，清廷开始对外朝三殿略加修整，并改皇极、中极、建极三殿名为太和殿、中和殿、位育宫，至顺治三年完工。顺治十年（1653年）开始，又相继对内廷部分建筑进行修缮。仿照盛京清宁宫规制将原明代皇后居住的坤宁宫改为祭祀满族萨满教的场所，将慈宁宫重新修缮后作为皇太后的寝宫，并重修东、西六宫。
故宫鸟瞰图
而康熙皇帝继位后直至大婚，就住在清宁宫（即保和殿），大婚后的第三年，即康熙八年（1669年）十一月，太和殿、乾清宫整修工程完工，康熙皇帝由武英殿移居乾清宫，清代的御门听政也于此时改在乾清门举行。
康熙朝重建太和殿的工程当是清王朝定都北京50余年间在紫禁城内实施的一项最大的工程。康熙十八年（1679年）腊月初三日，保和殿西庑御膳房起火，火乘风势顺着太和殿与中右门之间的斜廊延烧至太和殿。大火过后，紫禁城中的金銮宝殿化为一片焦土。虽然当年康熙皇帝以天灾大赦天下，但对6名酿成大祸的宫殿太监们却不容宽免，判处绞刑。
