在段祺瑞当政期间，因为冯玉祥并非他的嫡系，所以曾经将其免职。然而第16混成旅是冯玉祥一手拉出来的部队，因此段祺瑞即使换了一个旅长，冯玉祥还是能遥控指挥。张勋复辟期间，冯玉祥趁机返回第16混成旅掌握了军权，并主动拥戴段祺瑞讨逆。为了借助冯玉祥的第16混成旅，段祺瑞也只能重新任命冯玉祥为旅长。
而在后来冯国璋和段祺瑞的府院之争时，冯国璋通过陆建章拉拢冯玉祥出面反对段祺瑞的武力统一计划，在武穴通电罢战，这就是民国史上有名的武穴罢兵。此后段祺瑞虽然通过收买张作霖，借助奉军之力压服了冯国璋，枪毙了陆建章，并再次将冯玉祥免职。
但是冯玉祥据不从命，率第16混成旅武力抗拒。奉段祺瑞之命来收拾冯玉祥的曹锟怕事情闹大，从中调停，最后以段祺瑞收回成命，冯玉祥保留原职告终。
从这里看，冯玉祥不属于段祺瑞的皖系，和冯国璋也没什么关系。此时他虽然只是一个小小的旅长，但是已经自成一系。
