刘备虽然深恨刘巴不为己用，但深知刘巴是个不可多得的人才，而且诸葛亮多次表示自己不如刘巴。但刘备怕城破之日，部下会为了取悦自己，杀掉刘巴。于是刘备多次下令，告诫众军，不得杀害刘巴，违者将夷灭三族。
刘巴也不是倔骨头，看到刘备兵围成都，自己插翅难逃。又深感刘备不杀之恩，于是向刘备请罪，希望能原谅自己的当年多次冒犯左将军（此时，刘备朝廷官职是左将军）的虎威。刘备非常大度，赦免了刘巴，并任命他为左将军西曹掾，成为自己的亲信幕僚。
刘备初占成都，张飞没有寓所，曾在刘巴家借宿几天，但刘巴不搭理张飞。诸葛亮希望刚归顺的刘巴，放低姿态，而且张飞还是主公的亲信。但刘巴却认为张飞只是一介武夫，刘备听闻此事后，非常愤怒，但知道刘巴的能力，于是说出"子初（刘巴）才智绝人，如孤，可任用之，非孤者难独任也" 这样的话。诸葛亮打圆场，希望刘备不要怪罪刘巴，便赞誉"运筹策於帷幄之中，吾不如子初远矣"。
