刘巴的父亲刘祥，跟孙坚交往过密，上司王睿之死，跟他有说不清道不明的关系。张咨虽然遇害，但是此人在南阳当地颇得人心，虽然南阳百姓军民打不过孙坚，但他们自发武装起来，攻打江夏太守刘祥。刘祥原本以为这只是群"乌合之众"，于是领兵对垒，没想到全军覆没，刘祥也死在乱军之中。
190年，董卓任命刘表为荆州刺史，而正史当中的刘表，也非《三国演义》中的老朽庸碌之辈。鉴于荆州纷乱，刘表隐姓埋名单骑赴任。刘表喜欢猜忌别人，想到前任王睿吞金自尽的悲剧，于是特别痛恨为孙坚带路的刘祥。虽然刘祥已死，但他的儿子刘巴尚在人间。
此时的刘巴年少成名，闻名乡里，品行高尚。但刘表还是打算除掉刘巴，于是刘表找来刘祥的亲信，让他假意给刘巴报信，说刘表将对你不利，假装带他逃出荆州，然后刘表再名正言顺的除掉刘巴。没想到，刘巴没上当，执意留在荆州，刘表没找到除掉刘巴的借口。便以荆州刺史的身份，推举刘巴为茂才，想为己所用，但刘巴推辞不接受。
刘表将神童周不疑，送至刘巴处，希望他能悉心教导，但刘巴婉拒刘表的要求。208年，刘表病逝，曹操大军南下荆襄。刘表的儿子，刘琮开城投降，很多荆襄士族都追随刘备逃亡。刘巴认为刘备出身不好，于是北上拜会曹操，成为荆襄士族中的异类，刘巴成为曹操的掾属。但曹操考虑到刘巴是当地人士，在荆州地方有一定的影响力，于是让他招降长沙、零陵、桂阳三郡。
