于是湘军水师被截为外江内湖两部。当天夜里，在外江，太平军派出小划三、四十只，冲入湘军水师船营，陆军数千在两岸紧密配合，施放火箭喷筒，呼声震天。因湘军轻便快船大多被隔在内期，外江均为长龙快蟹等笨重战船，运棹不灵，无快船配合难以独立作战，只能被动挨打，一时间，战船被焚四十余只，未毁者仓皇挂帆，竟相逃命，败退九江。
2月11日深夜九江太平军又乘小划数十只，驶入湘军船隙之中，火弹纷飞，杀声震天。此时湘军已成惊弓之鸟，顿作慌乱，纷纷启锚逃窜。曾国藩虽严禁夜间开船，但令不能止，众船溃散。曾国 藩的座船也被太平军的小划包围，其管驾官刘盛怀、李之成监印官藩兆奎被击毙，座船被获。此时，曾国藩正在另一艘船上，见座船已失，投江欲自杀，被左右救起。
湖口一战，湘军水师基本上被摧垮。战后曾国藩"每闻春风之怒号，则寸心欲碎；见贼帆之上驶，则绕屋徬徨。" 长江中游大片地区，又为太平军所夺取。
