因为在"己巳之变"这一战之后，辽东军团基本上不和清军硬拼了，直到在吴三桂的率领下投降清朝。甲申之变后，辽东军团摇身变成清军，一路从山海关杀到云南，除面对南明晋王李定国的军队有一定阻力外，不论是前明朝军队，还是李自成的军队，辽东军团都几乎所向无敌，也为他们的统帅吴三桂打出来个平西王的封号。辽东军团最终的结局是在康熙年间随吴三桂反清失败后被清除。
明朝一直禁海，但在沿海地区依旧少不了实力强劲的海盗团体，福建人郑芝龙就是明末最牛的海盗头子，郑芝龙专注海贸，所以手下水师实力强劲，是当时整个东、南中国海最厉害的水师。明朝水师和荷兰人都在郑芝龙手下吃过亏，郑芝龙的水师帮助他把商贸活动开展至从日本到马六甲海域的众多沿海国家。
郑芝龙也因为水师的强大，让明朝官方感觉到不可敌，于是被明朝招安，成为福建的土霸王。南明时，郑芝龙投降清朝，但麾下水师的大部分力量被儿子郑成功继承下来，由郑成功率领继续抗清，清朝入关初期没有水师，所以郑成功只要不上岸，清朝就拿他毫无办法。直到清朝康熙二十二年，在原郑成功部将施琅的帮助下，清朝才攻上台湾，郑芝龙缔造的这支水师才消亡。
