最后，对于投降的蒙古士兵编入军籍，并给予优待。
由于蒙古士兵在作战中的勇猛表现，对于归降的蒙古士兵，朱元璋也主张"充实卫所编入军籍"。
明军攻下元大都之后，曾经以北征军留守，最初设置了6个卫所守卫北平，而到了洪武八年，北平都司管辖已经发展到了18卫3所，而卫所数量的快速增加，很显然与蒙古士兵的编入有关。
需要格外指出的是，这里被编入卫所的并不单单只有蒙古士兵，其中还有其他族的归附人，包括色目人、山后人以及滞留于中原的故元军户等等。
而在这个过程中，朱元璋也实施了更为人性化的政策，即：归附鞑靼及边军为军，无男丁者除其役（出自《明太祖实录》）。
