这些归降的蒙古士兵中，有些甚至被委以重任，也给与了他们优厚的待遇，当然也是有职责的，主要有两方面，即戍守和征调出征。
这些职责和明朝士兵也没有什么差别，正是因为这种无差别的对待，导致了归附明朝的蒙古人众，尽自己所能效忠明朝，在一定程度上对于明朝的对外战争起到了重要作用。
不过归附的蒙古人中并不是所有人都是忠心耿耿的，也有投降之后再次反叛的，而对此朱元璋也采取了两方面的措施：
1、发生此类事件，坚决镇压。《明太祖实录》中记载了这样一件事，即明军攻破元大都之后，元臣迭里迷失等留守大都的数人，被迫投降明朝，但是之后就与同僚金刚奴等人密谋谋反，结果被人揭发，这些人全部被斩首。
2、采取切实可行的措施避免此类事件的发生。蒙古归降的人中再次发生反叛，主要是在赴内地的途中，而叛逃的原因，多为强迫迁徙所致，为此朱元璋又采取了更为灵活的措施，即愿意南下的送入京师，对于不愿意去的，那就就地安置，以减少和避免反叛的事情发生。
