当草原被大量开垦后，生态就遭到了破坏，老鼠和人就形成了人鼠杂居的情形，人和老鼠接触的机会，也就大大增加。
到明朝末年，几乎没有风调雨顺的时候。先是气温陡降，低温和干旱导致庄稼多年歉收，饥荒在全国蔓延，饿死者不计其数。
在这种情况下，各地纷纷暴动。再加上后金一心想挺进中原，因此，延续了200多年的明王朝政权，到了大厦将倾的时候。
天灾人祸也影响了老鼠。找不到食物的老鼠身体虚弱，抵抗力下降，很快就有老鼠感染了鼠疫，并迅速在同类中扩散。
为了寻找食物，带有鼠疫的老鼠，不断向人居住的地方迁徙。而当时的饥民为了果腹，他们不仅会把老鼠藏在洞中的食物扒出来吃，还把死在路边的死老鼠拣来吃。这样一来，人就很容易感染鼠疫。同时，由于当时逃荒者众多，于是鼠疫被他们带到了各地，很快鼠疫就在全国爆发了。
