事情发生后，正妻的叔叔张时照恼怒不已，于是向朝廷告发杨应龙谋反。就在张时照告发不久，贵州巡抚叶梦熊也弹劾杨应龙诸多不法之事，要求朝廷予以严惩。
的确，杨应龙久踞播州，而播州又处于四川和贵州要塞，一直以来，经济往来都非常频繁，是个富庶之地，所以身为土司的杨应龙，自然要比其他土司财力雄厚，手下的兵甲的数量也更为可观。
然而当时驻扎四川的官军却不堪一击，因此，杨应龙起了吞并四川的野心。他暗中招兵买马，不断扩大势力范围，这不得不引起朝廷的警惕。
就在万历帝犹豫之际，叶梦熊又上了奏折，请求朝廷对播州进行改土归流，以削弱当地土司的自治权。
万历帝认为有理，于是在1592年命杨应龙到四川会审。
