此后准噶尔汗国发展到鼎盛时期，多次击败清军，因此清军一直都没有占领新疆地区。直到1755年，准噶尔汗国内部混乱，清军趁此机会出兵，两年后，终于把准噶尔汗国彻底灭亡。乾隆皇帝将这片土地起名叫"新疆"。1759年，兆惠将军率兵征服天山南路的喀什地区，平定大小和卓叛乱，到此整个新疆地区正式纳入中国版图。此时距离清朝入关已经过了115年。
随后清朝在新疆地区稳定统治了一百余年。鸦片战争时期，清军忙于东南，无暇顾及西部，1865年，阿古柏在沙俄和英国的支持下，入侵新疆。新疆开始处于战乱之中。1871年沙俄入侵并占领伊犁。1876年左宗棠率军进入新疆，数场大战后，收复新疆大部分地区，但是并没有收复伊犁地区。伊犁是1882年通过伊犁条约收回来的。1884年，清朝在此设立新疆省。
