最重要的是土司制度有自己的人事权，甚至也有兵权，于是就会出现不服中央的管理，或者跟周边的土司发生战斗，争夺地盘，经常愈演愈烈，危害到正常的统治秩序。
于是明清时候的皇帝就采取取消土司世袭，改派流官，直接划归中央的政策，被称之为改土归流。
改土归流始于明朝永乐皇帝时期，明永乐十一年，思南宣慰使田宗鼎与思州宣慰使田琛因争地叛乱，互相厮杀，乱事平定后，于当地设置贵州布政使司，揭开改土归流的序幕，这一事件也被称之为贵州建制。
当然，明清的朝廷也没有硬来，也是有技巧的推动，一般是两条基本策略，一是从上而下，先改土府，后改土州。二是抓住一切有利时机进行，如有的土官绝嗣，后继无人，或宗族争袭，就派流官接任；土官之间互相仇杀，被平定后，即派流官接任；有的土官犯罪，或反王朝被镇压后，以罪革职，改由流官充任。这些土司慢慢的也就被分化瓦解了。
