11月21日，龚照玙看到姜桂题既带不了兵，也打不杖，于是再次选择逃跑，他带自己的下属，打扮成商人坐小船到小平岛，后来到了烟台，但龚照玙怕李秉衡再杀他，只得换乘永顺轮逃往天津。
龚照玙再次逃跑后，又引起了连锁反应，旅顺口统领黄仕林、赵怀业、卫汝成等人也跑了，日本没费多少事，就攻占防御坚固的旅顺口。
甲午战争失败后，清朝开始追究一些逃跑官员的责任，龚照玙也在追责之内。1895年1月22日，清朝以"统兵将帅失守要港罪"判处其死刑。按理说以龚照玙这样级别的官员，杀头是理所当然，方伯谦都死了，更何况龚照玙呢？
但龚照玙并没有死，他为了保全性命，再次动用家里财富上下打点，据资料记载，共花了1万多两银子，才把性命保下来。如果没猜错的话，李鸿章很可能是保住龚照玙性命的关键人物，毕竟是同乡嫡系。如果龚照玙泄露当时修船坞给李鸿章的钱，恐怕李鸿章也难受。
