案子报到登州知州许遵面前。许遵是进士出身，由大理寺外放担任登州知州，曾经多次审判案子，具有很强的司法能力。他提出，阿云被许配时，还处于守制期间，婚配无效，她和韦大不属于夫妻，不适用"谋杀亲夫"的罪名，因免除死罪。
就这样，案子出现了争议。
接下来，案子报到审刑院和大理寺，审刑院和大理寺驳回了许遵的判决，以阿云"违律为婚，谋杀亲夫"为由，判处绞刑。这是根据《宋刑统》"谋杀人者，徒三年；已伤者，绞；已杀者，斩"条文来作出判决的。
许遵不服气，提交了新证据，认为阿云在被捕后如时招供，属于自首情节，"云被问即承，应为按问"，应当从轻发落，指出审刑院和大理寺作出绞刑的判决是错误的。许遵的依据，是宋神宗签发的一道诏令："谋杀已伤，按问欲举，自首，从谋杀减二等论。"
案子又交到刑部。刑部支持了审刑院、大理寺的主张，依然将阿云判处绞刑。
