公元404年，刘裕带兵前往讨伐桓玄，而这个桓玄，原来是东晋的大臣桓温的儿子。和刘裕一样，自然对皇位也是虎视眈眈，但是不同的是，他藏不住心里的欲望。在前一年，就利用自己的权力，强迫了晋安帝赶快写退位书，然后把皇帝的位置传给他。成功之后，桓玄迫不及待地坐上了宝座，改年号为"永始"，结果始是开始了，永却没能"永"下去，第二年，就被刘裕击败，当场杀死。
此后，南方的国家也开始逐渐变化。其中南燕的皇帝慕容超，更是变得骄奢淫逸起来，在朝廷中，过起了董卓一样的生活，对大臣滥杀无辜。因此，有南燕的大臣，私底下和东晋达成联系，愿意作为内应，帮助东晋攻打南燕。而刘裕再次披挂上阵，公元410年，慕容超被刘裕压到附近的城镇斩首。
此后，西蜀政权的叛军谯纵在成都称帝，和桓玄一样，原来也是东晋的大臣，最后按捺不住自己的野心。此时的刘裕才刚刚打了胜战，就直接转去成都，继续作战。在两年后，刘裕攻破他的防守，谯纵被逼到自缢身亡。而另外一边，趁着内乱的机会，边境的羌族人也做起了称帝的美梦，姚泓被推举成为后秦的皇帝，在416年正式继位。结果好景不长，专门杀皇帝的刘裕，在第二年，就兵临城下，再一次重演了桓玄的历史，将他斩首。
