三月，明成祖朱棣派安远侯刘升带领禁军前去山东平叛。面对朝廷正规军，起义军很快败下阵来，一直被打到了老巢御石棚寨。双方在此激烈交战，朝廷都指挥刘忠战死，但明军最终获胜，唐赛儿则借着地形逃得无影无踪。
没过多久，山东都指挥佥事卫青、指挥王真先后击败各股起义军势力，大量俘虏被送往京师献捷，只剩下起义军首领唐赛儿在逃。
为了抓到唐赛儿，明成祖朱棣下令，把山东、北京地区的所有尼姑、道姑抓到北京，其后细细甄别。
但即使这样，朝廷最终仍没能发现唐赛儿的踪迹。朱棣认为，既然农民起义已经被镇压，就无需再大张旗鼓纠结于匪首的下落，没过多久，他下令把送到北京的尼姑、道姑全部释放，并送回原地。
"民可以乐成，不可与虑始"，历史上的有为帝王，大多都会存在过度使用民力、好大喜功的毛病，即使他的所作所为功在千秋，但客观上来说，与所处时代的百姓诉求产生了现实矛盾。唐赛儿起义，就反映了明成祖的雄才大略所带来的负面作用。如何在帝王有为、百姓安居之间寻找一个平衡点，是封建社会几千年都难以彻底解决的难题。
