后朱棣起事成功，因担忧朝臣对自己会有看法，就加强了锦衣卫的监察职能，而且又重新能够关押和审讯犯人。这时的锦衣卫都指挥佥事名叫纪纲，此人有一身骑射本领，即懂法又懂得窥探人心，办事也非常得力，因而颇得朱棣信任。一时间权势滔天，连一些功勋大将也要对他敬畏三分。
物极必反，纪纲最终因滥用权力及收受贿赂等罪名遭到弹劾，被处以极刑。经此一役的锦衣卫虽仍有"典治诏狱"的权力，但行事作风比起之前收敛许多。
明仁宗、明宣宗时期，杨士奇、杨荣和杨溥三位贤臣主政，三人相辅相成，齐心协力保证了朝廷政治清明，百姓安居，也使得锦衣卫能够秉公守法，对朝政没有什么干预。
同时，这一时期锦衣卫官员从世袭制逐渐向非世袭制转变，从客观因素考虑，锦衣卫责任重大，需要有能力有经验的主官来负责，这是世袭所不能保证的。从当时主观的情况来看，是由于后宫嫔妃及功臣权贵们都为自己的儿子争取了锦衣卫的官职，使得锦衣卫开始演变成了达官子弟的"养老院"，这也为之后锦衣卫的冗员问题埋下了隐患。
实力增强却渐依附宦官
