《清代全史》随后论及袁崇焕被杀的理由："根据当时的情况，袁崇焕因金兵入关，得罪下狱或被杀，基本上已是肯定了的。按照明朝的制度，'失守封疆'是不赦的重罪，更何况袁崇焕是集众怨，被攻击的人，再加上大将满桂在皇帝面前揭发他的非法议和活动"云云。除以崇焕处死在四月小误之外，将崇焕被逮与处死混为一谈，不免失之简单笼统。若依此说，则崇祯在十一月二十三日初次召见崇焕时就应将其下狱，而不必等到皇太极施用反间计之后。实则明代历史上失误封疆，如嘉靖、万历朝，或归罪本兵，而于大帅则少有获死罪者，杨镐、王化贞迟至崇祯朝方处死，熊廷弼之死别有原因，此不赘。况且金军入关在蓟，崇焕受命督师，虽"总督蓟辽登莱天津军务"，驻关门，而其时另有蓟辽总督，蓟镇非崇焕防区；其后总督暂缺，却未明确由崇焕兼领。故或罪或否，非无辩解之余地。至于袁崇焕与金国所谓"议和"，则自万历以来有成例，且既报知朝廷，复为朝廷认可；所谓"擅杀"毛文龙，事后亦得到崇祯首肯。若无其他原因，皆可不必构成罪名。袁崇焕被逮在十二月初一日，处死却迟至次年八月，九个月中牵扯到复杂的朝廷党争，最终是取决于崇祯个人意志，还是政治的主要导向，仍是一个值得探讨的问题。退而言之，即使如一些著作认定崇祯逮捕袁崇焕是中计，也并不等于说处死袁崇焕也是中计，而应另有更深层的原因。
试看崇祯因金军兵临北京追究群臣，于逮崇焕之前，以侦探不明、城工未竣下兵部尚书王洽、工部尚书张凤翔于狱；战事尚未结束，又以失机逮总督刘策、总兵张士显；其后大学士钱龙锡下狱几死，前后大员逮系论死者数十员。如此杀戮过甚，人们似有理由推测，纵使没有皇太极的反间计，袁崇焕也难逃一死。
但凡事不可一概而论。崇祯最初歆动于袁崇焕"五年复辽"，因而寄予厚望。迨皇太极从蓟镇破关，崇祯虽不无怨怼，然而心中有数，责任不在崇焕，故有明旨："卿治兵关外，日夕拮据，而已分兵戍蓟，早见周防。关内疏虞，责有分任。"对于崇焕率兵入京宿卫，崇祯也慰谕有加："既统兵前来，其一意调度，务收全胜，不必引咎。"次日，"赐袁崇焕、祖大寿、大将"。皆其理性之体现。以现有史料，我们对崇焕突然下狱只能作如下推测：崇祯积怨于胸的是崇焕未能遵旨在蓟门堵截金军，令北京直接处于金军兵锋威胁之下。而随后金军、崇焕军同时至京，又有崇焕"勾虏"逼京、要挟和议之风传，又难免启崇祯之疑，即谈迁所谓"都人竞谓崇焕召敌，上不能无心动"。而当时真正影响崇祯决策的，除一二大臣之外，就只有太监。崇焕广渠门、左安门两战获胜，然城门紧闭，内外隔绝，崇祯未必能及时明白真相。十一月二十三日召见崇焕、满桂，崇祯感受如何，《国榷》云崇祯对崇焕"慰谕久之"，但又两次拒绝崇焕要求如满桂军例允许关宁兵入城休息，足见疑心未去。数日后金军仍倘佯于京城周围，迟迟不退。崇祯年未及冠，易于冲动，急切之下惑于流言，勾起旧账，莽撞行事，是完全可能的。
就上引《国榷》十二月初一、初二两日所记，崇祯面质崇焕者，"以杀毛文龙，今逗留何也"；次日宣谕各营者，"袁崇焕自任灭胡，今胡骑直犯都城，震惊宗社"，"崇焕不能布置方略，退懦自保，致胡骑充斥，百姓残伤"。最初公布的崇焕罪状，仅此而已，与日后罗织者不同，应可信为崇祯逮捕袁崇焕之真实动机。但其中并无反间计所谓与金国有"密约"。若崇焕果有此密谋，哪怕是谣传，崇祯有何拿不出手，当面严质？尤其是初一日逮系之时，惟有数人在场，崇祯完全没有担心泄密的理由；而且必定将祖大寿同时逮系，与崇焕对鞫，而绝不会让其返回军中。直至初六日给通州孙承宗的敕谕，亦未提及反间计所谓"密约"。
