定都南京后，对于当时为洪秀全等天国高层普遍看好的北伐，杨秀清也并不赞成，理由是孤军深入，后援不及。可惜定都南京后，太平军上下几乎都被胜利冲晕了头脑，盲目自大且极度轻敌，杨秀清迫于无奈只能同意。结果，北伐果然如杨秀清当初所虑，不仅白白损失了数万精兵，还折损了林凤祥、李开芳两位百战名将，这对初生的太平天国是一个无比沉重的打击。
太平天国不乏名将、勇将，但能掌控全局，调遣自如的主帅唯有杨秀清一人。从金田起义开始，杨秀清就是整个太平军的军师，并以东王身份节制除天王洪秀全以外的诸王，通过多次以弱胜强，生死攸关的战斗，显示出高超的统帅能力和指挥技巧，积累了很高的威望和声誉。太平天国第一勇将石达开，初期在杨秀清的指引下，攻无不克，战无不胜，天京事变杨秀清死后，石达开带领十余万太平天国的精锐出走，却在短短数年之内兵败身亡。就是因为石达开虽然是优秀的战术家，但不具备杨秀清层面的战略分析和实施。太平天国后期，虽然有几次大胜对清军造成了不小的打击，但无一能从战略层面对清廷形成逆转。
杨秀清主理军务期间，制定并颁布了太平军条规和行军总要等，将一群毫无组织章法的散兵游勇，打造成一支纪律严明的百胜雄师。同时，杨秀清军法严厉，赏罚分明，使军队上下都不敢稍有违越，以至于冲锋陷阵时，面对枪林弹雨，也能不畏生死，勇往直前。杨秀清死后，洪秀全滥封王位，以致于官位平等，互不隶属，无人能统一管辖指挥。即便有英王陈玉成和忠王李秀成两位中流砥柱，但也因资历太浅，无法让那些拥兵自重的王侯完全听命，上下级之间阳奉阴违，互相牵制、拆台，给了清廷以各个击破的机会，连英王也被下属叛变出卖，让人痛心扼腕。
天京事变后，虽然在陈玉成、李秀成等年青将帅的崛起之下力撑危局，并再度形成了对清廷的绝对军事优势。但这些太平天国的优秀人才缺乏杨秀清那种屡败屡战，坚韧不拔，逆境而上的斗志和作战经验。一旦曾国藩祭出"结硬寨、打呆仗"的战术，便将太平军此前的一切优势化为乌有。最重要的安庆保卫战中，陈玉成、李秀成双雄联手，动用了数十万人马也没能解安庆之围，最后还葬送了英王陈玉成，让太平天国后期的严峻局势雪上加霜。而李秀成在天京保卫战期间，出动了十三王，30万大军对曾国荃的三万湘军的深沟高垒，拼死硬攻46天，太平军阵亡了五万多人，也没能夺下雨花台，断绝了南京的最后一线生机。这些在杨秀清掌军时都是不可能出现的。
