朝廷也两眼一抹黑，干脆也同意孙元化戴罪招安辽人，但巡按王道纯却私自藏匿皇帝诏书，辽东叛军长时间无法被招安，认为朝廷没有诏安的意图，重新叛乱。
而孙元化毕竟在辽人心中权威比较大，居然又重新说服了辽东叛军，他和辽东叛军说明，他马上回京陈明真相。结果在孙元化返回京城的时候，王道纯居然派兵袭击辽东叛军，致使孔有德大怒，率领辽东叛军重新叛乱，攻陷莱州，叛乱进一步扩大。
辽东重新叛乱发生后，朝廷中很多人都弹劾孙元化已经反了。
后来孙元化、余大成等人被锦衣卫逮捕镇抚司，被余应桂、李梦辰、路振飞等人所陷害，在诏狱中遭到严刑拷打。
