他的遗体也被儿子和某些忠心的部下迎葬于嘉定南门外的荒圩中，墓前还立了一块石碑，上书"金都御史孙元化墓"。
著名西方传教士汤若望曾经在孙元化死前乔装成送炭工人入狱探望过他，并为他做最后的告解。
孙元化死后，对风雨飘摇的明朝造成了四个沉重的影响。
一是经过毛文龙和孙元化两人被杀后，以孔有德、耿精忠为代表的辽东将士从此与明朝离心离德，再无诏安的可能。
二是孙元化一生重视西方科学， 是中国著名的西洋火炮专家。孙元化的理想就是以自己精湛的火炮技术报效国家，因为他与西方传教士走得很近，并且在他的倡导下，登州和嘉定都是西方科学文化的大本营，故而西方很多拥有先进军事思想的专家也甘愿为孙元化所用，明军的火炮技术和军事战略得到很大的提升，随着孙元化的死，西方军事专家派对明朝也彻底失望，并全部退出明朝军队，对明清战争冷眼旁观。
三是使得很多仁人志士与朝廷离心离德。比如孙元化最著名的儿子兼西方科协文化继承者孙和斗，屡次谢绝父亲部属的举荐，再也不愿为明朝的官（也没有成为清朝的官），一心不闻窗外事，潜心整理父亲的文稿，编成《水一方人集》。这既是孙家的损失，更是明朝的莫大损失。四是孙元化的心血被后金国所得。孙元化的火炮技术和军事战略主要传授给了山东将士和辽东将士，山东将士不受明朝重视，但是以孔有德为代表的的辽东将士投降清朝之后，却大为受到皇太极的重视，可怜孙元化一生的本事一半归清朝所有。
