第一，甘肃是边境，内地的安全都指望这些边将的镇守，所以边将跋扈，朝廷官员也不会多管，毕竟朝廷还得指望他们看守门户。但是许铭不同，前文说过此人能力出众，敢作敢为，他到任甘肃巡抚就"颁出禁约，严密记载，镇守总兵之事独多"（《世宗实录》），可见他针对边将的跋扈采取了一些措施，遏制了边将的霸道和跋扈。让流汗又流血的沙场将领屈居一文官之下，甘肃镇总兵李隆自然不爽，二人由此结下了梁子。
第二，李隆灰色收入的减少。李隆因许铭的新政明面的薪水减少自不必说，本来这些高官就不指望朝廷的薪水，可是灰色收入也减少了，那可不行。当年粮贱，许铭就真认死理，按市价折合发给军士银钱，李隆等边将的中间盘剥也因此减少了，这直接触及到了李隆的根本利益。
许铭减少银钱，也损害了一般军士的利益，当军士代表请求加钱的时候，许铭恼怒"责治逐出"（严从简《殊域周咨录》），因此许铭又得罪了一般军士。之后军士的不满被李隆引导，至正德十六年（1521）十二月三日，许铭、李隆、镇守太监等人在府衙议事。当夜在李隆的指使下，甘州城内的士兵包围府邸，杀死许铭，焚烧其尸，兵变开始。
经过一夜的全城大乱，李隆出来收拾事态，增发军士每人七钱并军粮一石，令军士各回军营。之后李隆分化军士，将知情的士兵全部杀死。至嘉靖元年（1522）正月，李隆推出"首恶"几人，斩首以正军法，再将不听号令（不听李隆命令）的军士没收武器、遣送回家，自己实际控制了甘州军队，兵变结束。经此兵变，李隆成了甘肃镇最高权威，进而有能力实际控制西域地区，成了甘肃的土皇帝。
