明朝在化外之地多靠据点、卫所统治，而非像内地一样编户齐民设立府县。明朝在西域的重要据点就是哈密卫，甘肃镇"以通西番之贡路"（《明孝宗实录》），起到沟通哈密卫的重要枢纽的作用。如果甘肃镇失守，内地沟通西域的通道就被阻断，这意味着西域会脱离中原的控制。
关于甘肃镇的统辖。根据陈子龙的《明经世文编》所说，洪武九年（1376），朝廷就设立了甘州五卫于张掖，明制1卫为5600人，5卫28000人；不久增设酒泉的肃州卫、湟中的西宁卫、金城的兰州卫，至此甘肃镇形成，辖区为今天的甘肃和青海的部分地区。
甘肃镇官制。甘肃镇设巡抚都御史，职责为修筑城池、管理钱粮、训练兵士、铸造器具甲胄、羁縻藩部、统辖贸易、监察所在地百官，其权力之大可见一斑。另有镇守太监一名，制约巡抚都御史，嘉靖十八年（1539）撤。设总兵官一名，具体管理军事事务。
这里我们可以得到几条结论：1.甘肃镇辖地广大，又天高皇帝远，在此为官虽处边陲，但得通商之利、管理藩部，可谓裂土封疆的土皇帝。2.甘肃镇军士众多，在此为官位高权重。3.甘肃镇军士实为双重领导，军士既受巡抚管辖，又受总兵辖制。这样就为甘州兵变埋下了种子。
