兵变结束后，李隆就开始想办法推脱责任，他"反诬奏（许）铭克减军粮、 激众致变"（《世宗实录》），来了个恶人先告状。那么朝廷对他的这套说辞信不信呢？
当时的嘉靖帝励精图治，首辅杨廷和更是宰辅名臣，二人对这套说辞都没有全信。再看兵部，指出许铭"不失为正"（《世宗实录》），是个正直的人，办事公正，而李隆主管军事，兵变不可能和他没有关系。还有陕西巡抚，也上奏边军恣纵跋扈"辄肆穷凶"（《世宗实录》），认为兵变的主要原因是边军，并对兵变的全过程提出质疑，希望朝廷派专员彻查此事。
最终朝廷决定将陕西按察使陈九畴升为督察院右都御史，代替许铭巡抚甘肃。经过陈九畴的彻查最终认定甘肃总兵李隆实为兵变幕后真凶，他给朝廷上奏"对簿有据，宜寸斩，传首九边，以彰国典"（陈建《皇明法传录嘉隆纪》）。
世宗比较慎重，将李隆逮捕入京，让三法司再查，后又遣锦衣卫密查，他们都证明"铭之死，实隆主之"（《世宗实录》）。之后甘肃镇守太监董文忠（甘州兵变时保护许铭幼子）又送上证言，各省言官一齐弹劾，将矛头指向李隆。最终李隆成了天下公敌，被杀。
