自甘州兵变之后，明朝兵变不断，南开大学的明史专家林延清教授统计，自正德四年（1509）至明末130多年间，兵变61次，平均两年一次，这里还不包含小型哗变。正德朝仅3次，第三次甘州兵变，实发生在嘉靖即位之时，可见嘉靖甘州兵变之后，明朝的兵变次数暴涨。
嘉靖之前也有兵变，但规模小且不杀高官，哗变仅是士兵们向朝廷表示抗议的手段。而嘉靖的甘州兵变，实开以后兵变的范式，造反士兵将矛头直指巡抚等地方高官，巡抚等高官在兵变中接连被杀，士兵兵变的性质也由向官员要钱的抗议改为指向中央朝廷的造反，兵变成了威胁明朝统治的难题。
其实甘州兵变之后，山西镇守太监、山西巡抚等在九边的一线官员就上奏过要求朝廷严肃处理，以儆效尤，"甘州杀害抚臣，宜早正典刑，以辑人心"（《世宗实录》），因为这些人和被杀的许铭处境相同，一旦自己辖区的军士想效仿甘州，那被杀的可就是自己了。果不其然，就在山西高官上疏前后，"宣府、大同（的军士）拥众呐喊"（严从简《殊域周咨录》），大有甘州兵变再临之象。
甘州兵变之后，嘉靖朝特大的兵变（嘉靖朝不算甘州兵变尚有大型兵变19起）又有两起，即两次大同兵变。经事后调查发现，朝廷一致认为这是仿照甘州兵变的同类兵变，"自甘州五卫杀巡抚许铭，朝廷处之轻，颇无忌"（《明史》）。由此可见甘州兵变影响之深远。
在明朝历史上，甘州兵变因规模大、影响深，给后世起了个坏头。甘州兵变本来就是造反有据的事，但是世宗年轻，优柔寡断，对李隆的罪行迟迟不能敲定，所以大大影响了朝廷的威信，致使此后兵变多发，成了明朝的心腹大患之一。甚至于明朝末代皇帝崇祯朝（1628-1644），兵变竟达20次。其时朝廷已无可御敌之兵，在内忧外患的夹击下走向覆灭。若往上追溯，甘州兵变不是为大明国运埋下了伏笔吗？
