其时，国库困难，拿不出足够的经费来支持发展近代事业。正当李鸿章感到手足无措时，马相伯凭借对西方经济制度和社会体系的熟悉，用国家信用担保，最后贷款上百万，解了燃眉之急。可当他拿到这笔钱打算投入近代产业发展时，却遭到了朝廷里那些守旧派大臣的弹劾，万般无奈之下，马相伯放弃了。
不久，中日甲午战争中，中国一败涂地。更为摧折人心的是，广大国人却仍然是一副无关痛痒的样子。这可如何是好？民族危亡之际，已是垂暮之年的马相伯开始兴办教育和大学。信仰基督的他极力争取西方教会的支持，并在极其艰难的处境下完成了辅仁大学、复旦公学和震旦学堂的筹建。可是校内的部分天主教徒却一直在排挤他，企图推广自己的宗教文化，进行文化侵略。幸运的是，这位信仰上帝的老人得到了很多人的帮助。
这许多年来，马相伯先生都在致力于国家和民族的独立富强，并且为了这一执念奋斗了一辈子。他历经晚清、北洋、民国多个政权，历任多项要职，但一生清贫，无怨无悔。中日战争爆发后，马相伯先生被接到了桂林，随后有逃难到了越南。但老先生很快就一病不起，1939年11月4日，马相伯在谅山病逝，虚岁一百岁。
直到去世，马相伯先生都怀着满心愧疚："我是一只狗，只会叫，叫了一百年，还没有把中国叫醒。"
