敢言的御史：参劾左宗棠和醇亲王载沣
从1874年中进士后不久到1886年外放为贵阳府知府之前，赵尔巽长期在京城担任御史，以刚直、敢言著称，与当时翰林院的前辈如张之洞、张佩纶等一起被誉为清流。御史生涯的弹章中最为人知的成就，莫过于1884年参劾时为军机大臣的左宗棠。
1884年7月10日，刚刚交卸两江总督、回京师再度入值军机的左宗棠，上折举荐曾纪泽。在奏折中，左宗棠赞扬曾纪泽"博通经史，……于泰西各国情形，了如指掌"，甚至认为曾纪泽之才高于刚刚署理两广总督的张之洞，希望朝廷能简任曾纪泽为两江或闽浙总督。
两天后，时为御史的赵尔巽就上折参劾左宗棠此举与体制不合。赵尔巽在参折中说，曾纪泽已为三品的都察院左副都御史，属朝廷高官，照例自有朝廷体察，而不应由左宗棠保举，以免将来有朋党之患。赵尔巽还要求对左宗棠提出批评，并撤销此前将曾纪泽"交军机处存记"的奖励。尽管朝廷照顾刚刚率兵收复新疆、声誉正隆的左宗棠面子，没有采纳赵尔巽的建议，但赵尔巽敢言的秉性可见一斑。甚至，他还联合日讲起居注官盛昱（1884年曾参劾恭亲王奕?，为慈禧撤换奕?等军机大臣、策动"甲申易枢"张本）等一起弹劾醇亲王载沣，认为载沣"不宜参与政事"。
1886年，赵尔巽外放为四品的贵阳府知府，此时距他中进士已过去12年。同为进士，在12年间，早于赵尔巽的曾国藩1838年金榜题名，1849年37岁时升授二品的礼部侍郎；晚于赵尔巽的志锐，1880年中式，1892年39岁时也官至礼部侍郎。
