武帝以为司马迁这样赞扬李陵打匈奴有功，实际上就是说明贰师将军无功，故意打击贰师，抬高李陵，为李陵游说。司马迁就这样得罪了武帝，下了监狱。他的"款款之愚"和"拳拳之忠"，到底无法向武帝表白。
这时司马迁的一班朋友们，没有谁敢出来奔走营救；武帝左右的那些亲贵也没有谁肯为他讲一句话，他只得"独与法吏为伍、深幽囹圄之中"而莫可告诉。封建法庭严刑审讯的结果，司马迁得了诬罔主上的罪名，是一个死罪。这时是天汉三年（前98年），司马迁开始著述的第七年，他的全部工作，还在"草创未就"的时候。
李陵在投降匈奴后，匈奴习俗，一向敬爱勇士，听说李陵是老对手李广后裔后，单于对他竟喜欢得不得了。不仅封李陵为右校王，还将自己的亲生女儿嫁给了他。
一年后，汉武帝派公孙敖深入匈奴营救李陵，但因匈奴降人误以李绪为李陵，散布了"李陵教单于为兵备汉军"的谣言。而这一谣言，最终导致了汉武帝的雷霆之怒，李陵在汉朝的母亲、妻子、家人皆遭族灭。李陵所属的陇西李氏，都以李陵为耻。
