而朱元璋在老祖宗的智慧上，进行了改变。明孝陵又创方坟为圜丘新制，从山体的一侧取点，横向向内延伸。朱元璋和马皇后合葬的地方俗称"宝城"，是一个直径大约为400米的圆形大土丘，四周还有条石砌成的石壁。如此一来，盗墓者想通过挖盗洞，从而进入地宫盗走墓中的金银财宝，几乎不可能。因为无论是向下，还是向上凿洞，都无法打通盗洞，故无法进入明孝陵的地宫中。
即使盗墓者打通了盗洞，墓道也会让他们望而却步。明孝陵的墓道是经过精心设计的，它不是直道，而是迂回蜿蜒的墓道，结构非常复杂，很难找到主墓道。除此之外，整个陵墓都被巨石包围着。墓室的上方和周围都是细沙和碎石层。如果盗墓者想要盗墓，上面的流沙和碎石就会把他们淹没，跟"流沙墓"有点类似。不得不说，朱元璋非常聪明。
明孝陵这种把人文和自然和谐统一，达到天人合一的完美高度，是我国传统建筑艺术文化和环境美学相结合的典范，影响了朱元璋之后的皇帝的陵寝的修建。除了陵墓本身不易被盗之外，还有人为因素。明朝时期，历代皇帝都会派重兵把守明孝陵，让盗墓者无可乘之机。加上地理位置等因素，明孝陵才能保存至今，只是地面上的建筑墙体出现了坍塌和撕裂，但地宫却完好无损。
