第三次是在日本占领期间。在抗日战争时期，明十三陵一直处于日本人的控制之下，但是日本人并没有对明十三陵进行破坏，甚至南京的明孝陵也没有遭到破坏，还被日本军队保护了起来。
十三陵历经三次乱世而依然屹立不倒，最为重要的原因还是因为这是明朝皇帝的陵寝，明朝是最后一个汉族人建立的王朝，并且推翻元朝的统治，本就在广大汉族人心中具备崇高的地位，包括日本人在内的周边邻国也对明朝是非常的敬重，所以对于明朝皇帝的陵寝同样会带着一份尊敬。而对于当初占领明十三陵地区的日本人而言，除了对于明朝的尊崇，还是因为当时的日本确实打算长期统治中国，尽管掠夺了大量的珍宝和财富，但是对于中国的一些文物古迹还是予以了保护的。
在满清统治时期，非但没有对明十三陵进行破坏和开挖，在专门保护十三陵的同时，还会对明朝的皇帝进行祭拜。
