康熙先后六次南巡，每次都会去祭拜朱元璋的明孝陵，而从康熙的父亲顺治开始，祭拜十三陵也是清朝的既定制度，所以对于明朝的陵寝，也是进行了专门的保护，包括南京的明孝陵以及北京附近的明十三陵。
当时的明朝被李自成的农民军推翻，因而吴三桂令清兵入关，打出的是"为崇祯报仇"的口号，而在定都北京进而继续追剿李自成、张献忠以及攻灭南明的政权过程中，为了获得更多的支持，减少抵抗，清朝也是以明朝正宗统治继位者的身份自居，而统一全国之后，也继续用这样的口号来建立与广大汉族人之间的同理心。
也正是因为这个原因，历代清朝帝王对于明朝皇帝的陵寝不仅派驻军队予以保护，同时还会进行祭拜，这些都是统治的需要，而这也持续到了清朝灭亡。
直至今天，也就因为考古研究的原因，在郭沫若的主持下打开了明神宗万历皇帝朱翊钧的定陵，在哪个特殊的时期，不仅陵寝中的文物遭受了不可估量的损失，就连万历皇帝本人的尸身也被破坏。而除此之外，明朝的其他帝王的陵寝完成的保全了下来。
