洪秀全猜疑心重，不多时，又设计诛杀了韦昌辉和秦日纲等人。同年11月，石达开返回天京，被推举接受"同上义王称号"，开始代为管理部分政事。但获权后，自然又引来洪秀全的猜忌。洪秀全也不客气，直接任命哥哥洪仁发为王，与石达开共理朝政。如此作为，就差没直接当面告诉石达开：我怀疑你有想要夺我位置的野心！
忍无可忍便不用再忍，石达开混迹于官场战场那么多年，自然意识到了危险，于第二年被迫要离开天京。因为企图独立开创出自己的事业，他在走前曾发布布告：遍告众军民，依然守本分，照旧建功名，或随本主将，亦足标元勋。他留下了麾下的陈玉成、李秀成等人，但也依然有二十万精兵愿意跟随他离开。
