东汉初年，汉光武帝又重新恢复了刺史制度，但这时候又做了一个小的调整--由13位刺史改为12位，洛阳所在的司隶，则由司隶校尉负责监察。而且，不同于西汉时期的刺史无固定治所，东汉开始，刺史正式有了固定的办公地点。
到了汉灵帝末期的188年，在经历过黄巾起义的大动乱之后，时任太常（九卿之首）的宗亲刘焉向灵帝上表，说天下动乱，实在是因为刺史职权太低所致。应该恢复州牧制度，并选用资历深、威望重的清廉大臣前往地方担任。而他自己则借此表示愿意前往交州担任交州牧。实际上，刘焉此举是为了避祸，与国家的统治基本无关。所以，当他听说益州有天子之气后，便改请前往益州担任州牧。前脚到达益州，后脚就派张鲁、张修把汉中拿下，算是自立门户了。
从这时候开始，州牧才正式成为郡守的上级，州也才正式从监察区升级成行政区。但这时候，天下有刺史的12州，仅有个别州设置州牧，如扬州、荆州以及中原地区，还是刺史制度。直到董卓进京、诸侯并起，才逐渐发生改变。如陶谦的徐州牧，就是在董卓迁都长安之后的192年才变更的。扬州刺史改为扬州牧则要到更晚的194年以后了。
最后，我们来个回顾总结。发展历程：监御史--丞相刺史--刺史--州牧，其中刺史和州牧来回变更的状况不再赘述。差别：刺史六百石，州牧两千石；刺史是州牧的前身，州牧是刺史的升级版。刺史是单纯的监察官，直属中央；州牧则是典型的行政官，属于地方。
