海防"为主，清朝真正的大敌是日本；而左宗棠的则力主"塞防"，他认为眼下如果不解决塞防的问题，陕甘一带的军队就会长期受到牵制，这样也需要大量的军饷，如果自撤藩篱，贼寇必紧随逼近，最后，于海防也无益处。左宗棠强调说，新疆绝非不毛之地，只要用心经营，日后必能获益良多……事实证明，至少在这件事上，左宗棠的眼光要胜过李鸿章。
左宗棠制定下两条大的战略，第一"缓进急战"，这样可以免去粮草补给的担忧。所以清军在攻打古牧地时，先是进行了长达一年零四个月的进军，然后仅用了6天就攻克古牧地。第二"先北后南"，左宗棠分析说，阿古柏的主力部队多在南疆，北疆实力薄弱，此为避实击虚。只要拿下北疆，便可先声夺人，以北疆为基地展开对阿古柏的战争。同时，先北后南可以避开塔克拉玛干沙漠，这也是清人当年平定准噶尔和大小和卓的路线。
在正确策略的引导下，左宗棠仅仅用了不到两年的时间就成功收复了除伊犁外的所有新疆地区。1878年，清政府派出崇厚与沙俄谈判，崇厚却屈辱地签订了《里瓦几亚条约》，用500万卢布买回了9座空城，一时间舆论沸腾，清政府不得不将崇厚判处斩监候，随后又继续派曾纪泽（曾国藩次子）赴俄谈判。1880年5月，69岁的左宗棠拖着病体，抬着棺材再次出征，沙俄增兵伊犁，清政府受到恐吓后将左宗棠调回。
