可是，到了明朝嘉靖帝的时候，就引起了一个争议。嘉靖皇帝本来就很聪明，但也很敏感、自尊。因为他是以藩王身份继承皇位的，继位之初就为到底认不认自己亲爹而与大臣展开了旷日持久而惊天动地的争论。最后，嘉靖以武力和权威赢得了这场"大礼议"之争。不过，为了树立他所谓的"礼"，他处处争胜，也要在北京修建历代帝王庙。
既然是仿造南京的修建，那工程进度就相当快，而且祭祀的帝王都由朱元璋为他选好了，并不劳他费心。嘉靖十一年，历代帝王庙修建完毕，嘉靖帝还亲自参加了第一次祭祀，并没有什么问题。只不过大臣姚涞提出，要让废除元世祖的祭祀。
明朝就是从元朝手中得国的，是否祭祀元世祖忽必烈，历来就有争议，但由于是朱元璋所定，别人也不好太过强硬。因为只有承认元朝的正统地位，明朝的法统才更有传承，从这点来看，朱元璋做得非常大度，也很聪明。
作为嘉靖，他一开始是没有什么意见，这时候正处于他的事业巅峰期，"嘉靖中兴"指的就是这段时间。因此，他以"胡元受命九世，世祖最贤"和"祖制"两条理由驳回了姚涞的请求。
