最后，诸位鸿儒提名，并经朱元璋首肯，南京的历代帝王庙迎来了16位帝王。说是十六位，其实还包括伏羲、神农、黄帝、少昊、颛顼、帝喾、尧、舜、禹这九位上古大神级的人物。他们的事迹其实已经很模糊，更多的则是作为一种道德追求的崇拜而已。
那么，剩下的七位皇帝，则真正代表了明太祖朱元璋的态度，他们分别是商汤、周武王、汉高祖、汉光武帝、唐太宗、宋太祖、元世祖。这七个皇帝，不说私德方面，在功绩方面确实彪炳千秋。朱元璋将他们列入历代帝王庙，就是想提醒自己和后世子孙，要向他们学习，开疆扩土，缔造繁荣盛世。
本来，历代帝王庙这么修建以后挺好，也没有人有意见。到了明成祖时，他对这一套并不感冒，很少去祭拜。后来迁都到北京之后，就干脆也没有再修建了，作为陪都的南京，地位尴尬，历代帝王庙就更无人问津了。
