秋九月，自成留李过守寨，自率二十骑略食山中，为村民所困、不能脱，遂缢死。或曰村民方筑堡，见贼少，争前击之，人马俱陷泥淖中，自成脑中鉏死。剥其衣，得龙衣金印，眇一目，村民乃大惊，谓为自成也。时我兵遣识自成者验其尸，朽莫辨。
明史中记载的疑点是死因有二。一是李自成被围后上吊而死。其根据是清军统帅阿济格向朝廷的奏报，奏报中说："……自成窜走时，携随身步卒仅二十人，为村民所困，不得脱，遂自缢死。"但是后人认为，李自成久经沙场，果敢坚强，绝无自杀之可能。而且阿济格的说法，并非亲眼所见，故真实性甚低。
二是李自成被贼人杀害，《通山县志》中的记载为："九伯聚众杀贼首于小源口"；《明史》也记载：见贼少，争前击之，人马俱陷泥淖中，自成脑中鉏死。李自成死于九宫山的死因直接就是两种，让人不得不生疑。
此外，死者是否为李自成也有疑点，《程氏宗谱》却是这样记载的："剿闯贼李延于牛迹岭下"；没有说杀死了李自成，而只是说杀死了李延，李延为李自成之侄，并非为李自成的别名。《明史》记载："验其尸，朽莫辨。"清军验尸时尸体已经腐烂无法辨认。于是死的人到底是不是李自成，成了一个疑点。
