除了内部矛盾外，外部蒙古、日本也接连和大明闹事，嘉靖二十九年，鞑靼首领俺答汗率兵直入北京，屯兵于紫禁城安定门外，史称"庚戌之变"，而日本倭寇为祸也在嘉靖年间达到了顶峰，东南沿海一带盘踞着一股股的倭寇势力，不但影响到了朝廷关税的收入，还影响了朝廷的海运路线。
张居正虽然看到了大明症结所在，可毕竟年轻，政治能力还不够成熟，仅看到是没用的
在张居正刚进入嘉靖内阁的时候，大明一方面军费激增，一方面税收锐减，财政严重的入不敷出，而政府内部冗官冗兵，办事效率低下，军备松弛，在对外作战中节节败退，地方将领对中央阳奉阴违，暗中沟通蒙古、倭寇的大有人在，就连抗倭名将胡宗宪，都在暗地里和倭寇头子王直达成了某些协议，这也是东南倭患长年无法解决的原因所在。
所以高瞻远瞩的张居正就给当时正沉迷于修仙的嘉靖皇帝写了一封《论时政疏》，里面一针见血地指出了大明王朝存在的五大弊端：
