万历时期，大明最严重的危机就是土地兼并问题，这是每个朝代都会遇到的社会矛盾，简单来说就是大批的农民土地被上层阶级兼并，而因为国家所定的各种政策漏洞，这些本来应该交税的土地被暗中隐瞒起来，上层阶级只需交纳原先应交税额，大部分财产却被隐藏了起来。
而那些失去土地的农民一没田耕作，二还得交纳赋税，长此以往则导致贫者越贫、富者越富的问题，社会矛盾激化，最后则是吃不饱饭的农民揭竿而起，动摇帝国的基层统治，从而影响到上层统治，大部分帝国的灭亡都是由此而来的。
朱元璋时期由于对士绅和王公贵族所定下的免税制度，很多地主和小民都逐渐把土地寄放在有免税特权的地主家中，称为"投献"，以此来逃避交税，到明朝嘉靖年间，国家得以收取赋税的土地不足明初的十分之一；
而且人的贪念是无穷无尽的，在有朝廷默认的"投献"制度下，除了皇帝本人有大量的皇庄私家财产之外，底下的宗室、皇亲国戚、功臣们也不断地向皇帝"请乞"，索要土地，一般皇帝对此都是允许的，兼并严重影响了大明的财政，"私家日富，公室日贫，国匮民穷"；
在占据了税收大头的土地税锐减的情况下，大明朝廷不断地开启商业税和关税，可是这些钱大部分都是进了朝廷的腰包，底下百姓无田的依旧无田、贫穷的依旧贫穷，所以自正统年间起，大明内部就有源源不断的流民起义，正德五年的刘六兄弟起义，更是直接影响到了北京城的安危。
