皇太极继位之后，在关宁锦防线难以攻克的情况下，改变战略不再向明廷进攻，而是通过两征朝鲜、拉拢和进攻蒙古诸部，先行解决了入关的后顾之忧。至此，皇太极才开始将战略重心调整到关宁锦防线。
崇祯十三年（1640年）三月，皇太极汲取过去教训，制定了长期围困、围点打援、迫其出降的计划，先修筑义州城作为阵地，再收割锦州城外庄稼、扫除外围据点，切断锦州驻军与外部联系，之后又于次年在锦州城外铸造营垒、挖掘壕沟、竖起栅栏，将锦州围的水泄不通。皇太极的计策果然奏效，由于锦州东关守将吴巴什降清，导致锦州外城失守，锦州守将祖大寿连忙向朝廷告急，崇祯急令洪承畴水岸聆步骑十三万"刻期出关"。
崇祯十四年（1641年）四月下旬，洪承畴率领大军抵达松山与杏山之间，二十五日双方在乳峰山交战，清军失利、几乎溃败，洪承畴并未被胜利冲昏头脑，取胜后便驻扎宁远，探查锦州虚实。而兵部尚书陈新甲则以兵多饷艰为由，主张速战速决，催促迅速进军，崇祯帝于是诏令洪承畴"刻期进兵"，同时分别任命马绍愉、张若麒为兵部职方主事、职方郎中督促决战。在洪承畴被迫出军的同时，皇太极则命人在王宝山、壮镇台、寨儿山、长岭山、刘喜屯等地挖掘站好，包围松山一带。
明军与清军决战于松山、锦州地区，清军突袭明军囤积在笔架山的粮草十二堆，粮草被夺的明军本打算次日一早突围后修整再战，然而大同总兵王朴回营之后便立即率领本部人马率先趁夜突围逃跑，结果导致明军各部争相突围，顿时阵脚大乱。
最终，总兵吴三桂、王朴等逃入杏山，总兵马科、李辅明等奔入塔山。洪承畴等人突围未成，困守松山城，之后在"转饷路绝，阖城食尽"的情况下，松山副将夏承德遣人密约降清，以为内应。松山城也于崇祯十五年（1642年）二月十八日陷落，总兵邱民仰、王廷臣、曹变蛟被杀，洪承畴、祖大乐兵败被俘。三月八日，祖大寿率部献城归降，清军占领锦州。四月二十二日，清军用红衣大炮轰毁杏山城垣，副将吕品奇率部不战而降，松山、锦州、杏山三城尽没。
