后来皇太极率军再攻宁远，祖大寿带兵潜入敌后与袁崇焕的军队形成前后夹击之势，再次击败金军。在这之后祖大寿又被提升为了辽东前锋总兵，驻守锦州。然而后来发生的一件事却让他开始对明朝廷失望，其长官也是其好友袁崇焕被崇祯皇帝无故打入牢狱，祖大寿恐惧得逃走了但为了替袁崇焕立功赎罪又不得不回到关内镇守。直到1631年，祖大寿受命在大凌河修建城墙，但是没想到还未修完，皇太极就带领军队将大凌河城重重包围。
可城里的粮食有限，城内的人出不去，而城外的援兵想要来救里面的人却又打不进来。祖大寿在经历了多次突袭失败之后，终于没了辙。而此时的皇太极非常想要得到祖大寿这个大将，便一连好多天都在城外劝降。祖大寿连同将士、百姓被困了三个月之久，在这三个月之中，粮食早就吃完了，那他们是怎样活下来的呢？他们先是杀马吃，马吃完了便开始杀人吃了。祖大寿越来越不愿看见这样残忍的画面，于是终于向皇太极投降，这就是祖大寿第一次背叛明王朝。投降后的祖大寿向皇太极谎称自己想要去寻找锦州城的妻女，找到之后就回来，于是带兵回了锦州，再也没有与皇太极联系。
一直到1641年皇太极再次兵围锦州，祖大寿带领将士在城中守了一年之久，结果城中因粮食匮乏再次出现了食人肉的情况，祖大寿不得不再次投降，这就是他的第二次叛明。但是谁知被欺骗的皇太极并没有怪罪祖大寿，反而更加赞扬他的忠心，希望他能够尽心为自己效力。祖大寿这次终于同意了，然后带领着清军入关，最终于1656年病死在家中。但是他万万没想到的是，他死后自己的墓却被一个皮货商挖掘了，并将整个墓倒卖给了加拿大。但是不管怎样，这个明末时期最有争议的人物已经幻化为了一抔黄土，他的这些功与过就让它随风而散吧。
