三个部门互不统属，级别相同，都直接向中央汇报，三权分立的作用自然是防止了地方做大，威胁朝廷。但权力太过分散，要造成了政策执行难度加强，百姓怨言不断。于是，又设立巡抚制度，中央直接派遣官员到地方巡视和监察，到了明末，巡抚便成了正式官职，三司成了巡抚下属，三权分立也名存实亡。
军权改革
明朝初期，朱元璋收归所有军权，设置统军大元帅，后改为枢密院，接着又改为大都督府，节制所有中外军事。
但大都督府的军权集中，导致权力过大，容易威慑皇帝，于是朱元璋又废大都督府，改为左、右、前、后、中五军都督府，管理节制京城和地方的军队卫所。五军都督府各设左、右都督，以及都督同知、都督佥事等。五军都督府和兵部相互制约，兵部拥有调兵权，五军都督府只有统兵权。于是五军都督府也逐渐成为虚职机构，军权也成了皇帝囊中之物。
明太祖朱元璋，总结了前朝的经验，在稳定朝廷和政权的基础上，通过各种政策手段维护了军权的至高无上，也就此开启了明朝两百多年的基业。
