没有了宰相，国家大事便取决于皇帝一人身上，但又不能设立宰相对自己的君权造成威胁，为了减轻负担，便设立内阁。将翰林院学士充入内阁成为殿阁大学士，这些品级地下的翰林学士便成了皇帝专属的秘书，专门负责奏折的勘察和批示。
内阁的职能相当于宰相，但这个"宰相"权力被极度缩小，到最后成了各部尚书、侍郎的兼职，并且也没有秦汉时期"宰相"的"君臣共治天下"那等荣耀了。内阁人员负责为皇帝分担，但实际权力仍牢牢掌握在皇帝手中，朱元璋甚至设立祖训：不得预立宰相，臣工敢言立者斩。
地方三权分立
中央的权力已经彻底掌控在皇帝手中，在地方上，也设立三司：承宣布政使司，负责管理民政和财政；提刑按察使司，负责监察和司法；都指挥使，负责军政管理。
