起义计划商定之后，林清便通过庆隆戏园艺人找杨进忠、刘金、刘得才等筹划、研究攻打皇宫的部署。决定由杨进忠负责准备武器，杨进忠随后乔装改扮，溜出皇宫，联系了宣武门外铁市中的教徒，暗地里偷偷地铸好了几百把钢刀，为义军能及时起义作好了准备。几人商定∶进攻皇宫的队伍分成两支，一支埋伏在京东的董村，归祝现、屈五统率，由刘得才带路，从东华门进攻皇宫；一支埋伏在京西的黄村，归李五、宋进财统率，届期在菜市口汇合，由杨进忠和他的徒弟小太监高广福带路，从西华门进攻皇宫。这两支队伍准时在九月十四日于正阳门外庆隆戏园会合。另外，由汉军独石口都司曹伦和儿子曹福田组织一支队伍，由太监王福禄、阎进喜居中导领，在北京城内往来策应。林清坐镇京南宋家庄，打下皇宫之后，立即进城坐殿当皇帝。在研究部署偷袭皇宫的兵力时，最初打算多派人前去，而杨进忠、刘金、刘得才等人则认为宫内地狭不阔，容纳不了很多的人，并且易于暴露目标，主张尽量少使用兵力，鉴于杨进忠、刘金、刘得才对禁中路径熟悉，林清采纳了刘金等人的建议，只派二百人偷袭皇宫。曹福田曾提议可以趁十七日嘉庆驻跸烟郊行宫之机，宫内一时空虚，再起事，林清却说∶经言天意，不可乱改。
尽管林清与杨进忠等人筹划得很周密，但还是不自觉地暴露了自己的计划。林清有一天行走到大街上，突然刮起一阵风，吹开了他的宽敞大袖，露出了所藏的红色坎卦腰牌，被做买卖的人看见了。林清又在酒店买酒痛饮，结果大醉，醉后胡言乱语，竟然把谋取皇宫的计划说出，有人报告了官府，官府官员觉着醉人之话不可信，况且牵涉到宫中的太监，万一有假对自己不利，就没有深究。另外，天理教的首领祝现，是豫王裕丰的家人，担任豫王府的庄头，家庭也很富足，他的弟弟祝福庆对于兄长参加"邪教"很不满，窃知起义的日期后，不禁大吃一惊，赶忙跑到豫王府报告了王爷。豫王起初想举发逮捕祝现，后又转念一想，去年皇上巡游南海子时，自己曾在林清家歇宿。若揭发此事，或许会有同谋之嫌，思虑再三也就作罢。凡此种种都没有引起清政府足够的重视，这样起义就按照预定计划悄悄地进行着。
