然而，到了明孝宗时期，内阁权力却再度开始加强，刘健、李东阳、谢迁等贤良先后担任大学士，且深受明孝宗朱佑樘信任，再度确立了内阁大学士为百官之首的态势，而团结在内阁之下的外廷，也就此拥有了对抗皇权的实力，这在正德年间被体现的淋漓尽致。
到嘉靖年间，明世宗朱厚熜改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，将大学士的朝位班次，列在六部尚书之前，地位大大提高。至此，明代内阁大学士虽无无宰相之名，却已经实有宰相之权。到嘉靖二十一年，权臣严嵩任武英殿大学士后，专擅朝政二十余年，内阁除了没有最终的决策权之外，权力已经完全与从前的宰相别无二致。
明世宗朱厚熜
