内阁制度确立之后，明朝的最高决策层权力就此大致得以确定，皇帝仍然牢牢掌握着最终决策权，从而保证了权力的高度集中；内阁则掌握着议政权，他们可以针对朝廷政务提供可行性建议，然后交由皇帝决策；而六部则掌握着行政权，即皇帝决策之后交由六部具体实施，而地方的三司也直接对六部负责。
正如"阁臣之预务自此始，然其时，入内阁者皆编、检、讲读之官，不置官属，不得专制诸司。诸司奏事，亦不得相关白"所言，最初的内阁，其实只是皇帝的秘书部门，而大学士便是皇帝的高级幕僚。
内阁确立之后，明朝的权力运行机制也就此诞生。凡是朝廷的重要文书，先由内阁负责拟定几条意见，以笔墨写于票签上，然后与奏折一起呈送皇帝批准，这个过程被称为票拟。然后，皇帝根据内阁拟定的意见最终拍板，以红字进行批示，这被称为"批红"或"朱批"。这便是明朝特殊的"票拟制度"，简单来说，就是内阁针对某些事件分析之后提供A、B、C、D几个选项，然后交由皇帝最终选择，如此一来，皇帝的工作量便大大降低了。
?这种制度下，明朝初期的大学士虽然能够充分参与朝政，但因为职位不高，又没有最终决策权，因此权力其实并不大。他们对于朝政的参与程度，往往决定于皇帝对他们意见的采纳程度，这一方面由大学士本人的工作能力决定，另一方面则由其受皇帝宠信的程度决定。
