自仁宣年间之后，大学士兼任尚书便已经成为了定制，因而内阁大学士开始由幕后走向台前。不过这一情况在明英宗早期曾出现过反复，当时因太监王振深受宠信，内阁权力被严重削弱，直到正统十四年（1449年）"土木堡之变"爆发后，以兵部侍郎于谦为首的外廷官员才重新接手权力，而且由于武将功勋集团在这次灾难中损失惨重，文官集团得以迅速崛起。
"土木堡之变"明英宗被俘
"土木堡之变"中因明英宗朱祁镇被俘，明代宗朱祁钰得以登上皇位，在位期间王文以左都御史进吏部尚书后进入内阁，此后诰敕房、制敕房俱设中书舍人，六部承奉意旨，自此内阁开始将议政权和行政权牢牢攥在了手心，六部则成为了内阁的下辖部门，大学士则成为了外廷领袖，而内阁首辅便是实际上的百官之首。
不过，到明宪宗时再度出现反复，其统治初期三位权力较大的大学士李贤（死于1467年）、陈文（死于1468年）和彭时（死于1475年）相继去世后，他虽然将刘定之（死于1469年）和商辂（1477年退隐）等贤良增补进内阁，但同时也起用了名声不佳的万安（死于1489年）和刘吉（死于1493年），再加上他对万贵妃的过分宠溺，导致内阁权力曾一度大为削弱。
